即便对方公司已经注销，也仍然可以追究其法律责任。针对您提出的问题，我们可以从以下几个方面进行分析和处理：

一. 对方公司注销后的法律责任

1. 公司注销不影响责任追究：根据《公司法》的相关规定，公司注销并不意味着其之前的违法行为可以逃避法律追究。如果公司注销前存在欺诈、开具虚假发票等违法行为，其法律责任仍然需要承担。
2. 向清算组或股东追责：如果公司注销时进行了清算，您可以向清算组或公司的股东追究责任。根据《公司法解释（二）》第十九条，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后，恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，债权人主张其对公司债务承担相应赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。

二. 诉讼程序的处理

1. 变更诉讼主体：在诉讼过程中，如果发现对方公司已经注销，您需要及时向法院申请变更诉讼主体，将清算组或股东列为被告。
2. 继续推进诉讼：在变更诉讼主体后，您可以继续推进诉讼程序，通过法庭审理来维护您的合法权益。

三. 实际操作的建议

1. 收集证据：首先，您需要收集对方公司欺诈、开具虚假发票的相关证据，以及公司注销的相关证明文件。
2. 咨询法院：在发现对方公司注销后，及时与法院沟通，了解变更诉讼主体的具体流程和所需材料。
3. 提起诉讼或追加被告：根据法院的指导，及时提起诉讼或追加被告，确保您的诉讼权利得到有效保障。

我建议，您尽快收集相关证据，并与法院沟通变更诉讼主体的相关事宜。同时，您也可以考虑咨询专业的法律服务机构，以获取更全面的法律支持和帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。