关于“双方合作公司公章法人怎么分配”的问题，这实际上涉及到公司治理结构、合作协议以及相关法律法规的综合考量。以下是对这一问题的详细解答：

1. 公司治理结构：

   • 在合作公司中，公章通常作为公司的重要印章，用于代表公司对外进行法律行为或签署重要文件。
   • 法人则是公司法律上的代表，负责公司的整体运营和管理。
   • 公章的使用和管理通常需遵循公司章程或相关管理制度，这些制度会明确公章的保管人、使用权限及审批流程。

2. 合作协议约定：

   • 双方合作时，应签订详细的合作协议，其中应包含关于公章使用、管理以及法人职责的明确约定。
   • 协议可规定公章由哪一方保管，或设立共同的公章管理团队；同时明确法人在公司运营中的具体职责和权限。

3. 法律法规遵循：

   • 根据《公司法》等相关法律法规，公司应建立健全的治理结构，确保公章和法人的使用和管理符合法律要求。
   • 若合作协议中未明确公章和法人的分配，双方应依据法律法规和公司章程进行协商，并达成补充协议。

4. 实际操作建议：

   • 双方应充分沟通，明确各自在公司运营中的角色和职责，以及公章和法人的具体分配方式。
   • 建议设立公章使用登记制度，记录每次公章的使用情况，以确保公章使用的透明性和合规性。
   • 对于法人，应明确其职责范围，并确保其行为符合公司利益和法律法规要求。

综上所述，双方合作公司公章和法人的分配需综合考虑公司治理结构、合作协议约定以及法律法规要求。在实际操作中，双方应充分沟通并达成明确约定，以确保公司运营的顺畅和合规。如有任何具体问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。