要合法解除不能胜任工作的员工，用人单位需要遵循一系列法定程序，以确保整个过程的合法性、合规性。以下是详细步骤和注意事项：

一、明确岗位职责与考核标准

首先，用人单位在员工入职时，应明确告知其岗位的工作内容、任务目标及考核方式，并在规章制度或劳动合同中具体规定胜任工作的标准。这些标准应当合理、合法、具体、客观且可量化，为后续的工作评估提供明确依据。

二、进行有效绩效考核

接下来，用人单位需按照既定的考核标准对员工的工作进行全面、公平、公正、公开的考核。考核过程应有详细的记录，包括工作业绩数据、客户反馈、同事评价等，以充分证明员工的工作表现。若考核结果显示员工不胜任工作，则需进入下一步骤。

三、提供培训或调整岗位

在确认员工不胜任工作后，用人单位不能直接辞退员工，而应首先给予员工改进的机会。这包括提供针对性的培训，帮助员工提升工作能力，或者根据员工的实际情况和专业背景调整至其他合适的岗位。同时，应明确新的考核标准和期限，并与员工签订书面的培训或调岗协议，以确保双方权益。

四、再次考核

经过培训或调岗后，用人单位应在合理的考核周期内（一般为30日至60日）对员工进行再次考核。此次考核应严格按照预先设定的标准进行，确保考核过程和结果的客观性和公正性。若员工仍然无法胜任工作，则可依法进入辞退程序。

五、提前通知并支付经济补偿金

根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在辞退不胜任工作的员工前，应提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后解除劳动合同。同时，应按照劳动者在本单位工作的年限支付相应的经济补偿金。具体标准为：每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资的经济补偿。

六、遵循法定程序

在辞退员工的过程中，用人单位还需遵循其他法定程序，如通知工会并听取其意见，确保员工的合法权益得到保障。此外，还应及时为员工办理离职手续，包括结清工资、转移社会保险关系、出具离职证明等。

七、保留相关证据

在整个辞退过程中，用人单位应妥善保留所有相关证据和文件，如员工评估报告、培训记录、调整工作岗位记录、沟通协商记录、书面通知及经济补偿金支付凭证等。这些证据对于应对可能的劳动争议至关重要，能够确保用人单位在必要时提供充分的证明。

综上所述，合法解除不能胜任工作的员工需要用人单位严格依据法律法规和公司规章制度进行操作。通过明确岗位职责与考核标准、进行有效绩效考核、提供培训或调整岗位、再次考核、提前通知并支付经济补偿金、遵循法定程序以及保留相关证据等步骤，可以确保整个过程的合法性、合规性及可追溯性。