施工单位不可以直接申请在建工程拍卖。下面我将对此进行详细分析：

一. 施工单位非在建工程的所有权人

• 根据《中华人民共和国物权法》的相关规定，在建工程属于不动产，其所有权归属于建设单位（通常指开发商或业主）。施工单位作为工程的承建方，仅负责按照合同约定进行施工，并不享有在建工程的所有权。
• 因此，施工单位无权直接申请拍卖在建工程，因为这不是其所有的财产。

二. 拍卖程序的启动条件

• 拍卖通常是在债务人不履行债务时，债权人通过法律程序申请对债务人的财产进行强制执行的一种方式。
• 在建工程的拍卖通常发生在建设单位无法偿还债务，且债权人通过法律途径追索债务的情况下。此时，债权人可以向法院申请对在建工程进行拍卖，以清偿债务。

三. 施工单位的权利保护

• 如果施工单位因建设单位拖欠工程款等问题而面临损失，可以通过法律途径向建设单位追索欠款，或者依据合同约定申请仲裁或提起诉讼。
• 在某些情况下，施工单位也可以申请法院对建设单位的财产进行保全或查封，以确保自身权益不受损害。但这并不等同于直接申请拍卖在建工程。

综上所述，施工单位作为工程的承建方，并不享有在建工程的所有权，因此无权直接申请拍卖在建工程。如果施工单位面临与建设单位之间的经济纠纷，应通过合法的法律途径来维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。