运毒被拘留48小时以上，如果最终被依法认定为犯罪并判刑，会留下案底。

一. 运毒拘留与案底的关系

1. 拘留的性质：运毒被拘留，通常涉及的是刑事拘留，这是刑事诉讼过程中的一种强制措施，用于对犯罪嫌疑人进行暂时的羁押。

2. 案底的形成：刑事拘留本身并不直接等同于留下案底。案底通常指的是个人因违法犯罪行为而被记录在档案中的信息。根据《档案行政处罚程序规定》，案件结案后，相关材料会按照档案管理的规定整理归档。

3. 最终认定与案底：如果运毒行为经过司法程序，最终被认定为犯罪并判处刑罚，那么这一犯罪行为就会记录在个人的档案中，形成案底。

二. 法律依据

• 《档案行政处罚程序规定》（国家档案局令第20号）第四十条规定，结案后，办案人员应当将案件材料按照档案管理的有关规定整理归档。这意味着，一旦案件结案，相关记录就会被整理并存入档案。

三. 结论

• 因此，运毒被拘留48小时以上，如果案件后续经过司法程序，最终被认定为犯罪并判处刑罚，那么就会留下案底。这一案底将长期存在，对个人未来的生活和工作可能产生一定影响。

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