关于“指挥部与事业单位签订的土地开发协议是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
核心结论
协议的有效性主要取决于协议内容是否合法、双方主体是否具备相应的资格和权限，以及协议签订的程序是否符合相关法律法规的规定。
具体分析
协议内容的合法性：
- 协议内容必须遵守国家法律法规，不得违反土地管理、城市规划、环境保护等方面的规定。
- 如果协议内容涉及农村土地的开发，还需要特别关注农村土地承包法、土地管理法等相关法律法规的约束。
双方主体的资格和权限：
- 指挥部通常作为政府或政府部门的下设机构，需要确保其具备签订此类协议的授权。
- 事业单位作为另一方，也需要确保其业务范围和权限与协议内容相符，且具备签订协议的法人资格。
协议签订的程序：
- 协议签订应遵循相关法律法规规定的程序，如可能需要经过审批、备案等流程。
- 如果涉及农村土地的开发，还需要确保已经履行了土地征收、征用或流转等法定程序。
其他考虑因素：
- 协议是否以书面形式签订，且内容明确、具体，无歧义。
- 协议是否双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
法律建议
- 在签订土地开发协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策，确保协议内容的合法性和合规性。
- 双方应明确各自的权利和义务，确保协议条款的公平和合理。
- 如果协议涉及复杂的法律问题或争议，建议寻求专业律师的法律咨询和协助。
综上所述，指挥部与事业单位签订的土地开发协议的有效性是一个综合判断的过程，需要综合考虑协议内容、双方主体资格和权限以及协议签订的程序等多个方面。如果有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。