建房纠纷最怕的三个证据缺失问题是：缺乏书面合同或协议、缺乏建房过程中的记录和文件、缺乏房屋质量问题的证据。接下来我将详细分析这三个问题及其应对方法：

一. 缺乏书面合同或协议

1. 问题解析：在建房过程中，如果没有签订书面的合同或协议，一旦出现纠纷，双方的权利和义务将难以明确，这将对纠纷的解决带来极大的困难。
2. 应对方法：在建房之初，务必与对方签订书面的合同或协议，明确双方的权利、义务、建房的标准、质量要求、付款方式等关键条款。如果合同或协议已经遗失或未签订，应尽快与对方协商补签，或者通过其他证据（如证人证言、录音录像等）来证明双方的关系和约定。

二. 缺乏建房过程中的记录和文件

1. 问题解析：建房过程中，如果没有保留相关的记录和文件，如设计图纸、施工日志、材料采购单等，一旦出现质量问题或施工纠纷，将难以追溯责任。
2. 应对方法：在建房过程中，应保留所有与建房相关的记录和文件。这些证据不仅可以证明施工过程的合规性，还可以在出现纠纷时作为有力证据。如果记录或文件已经遗失，应尽快通过其他途径（如向施工方或监理方索要、查找备份等）进行补充。

三. 缺乏房屋质量问题的证据

1. 问题解析：如果房屋存在质量问题，但没有相关证据来证明，将难以向施工方或开发商主张权益。
2. 应对方法：在发现房屋质量问题时，应及时拍照、录像或请专业人士进行鉴定，并保留相关证据。这些证据应包括质量问题的具体表现、出现问题的位置、时间等信息。如果证据已经遗失或无法获取，应尽快通过其他途径（如向相关部门投诉、寻求专业机构的帮助等）进行补充。

综上所述，建房纠纷中最怕的三个证据缺失问题是缺乏书面合同或协议、缺乏建房过程中的记录和文件、缺乏房屋质量问题的证据。为了避免这些问题的出现，建议在建房过程中务必保留好相关证据，并在出现纠纷时及时咨询专业律师以获取法律帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。