当双方互有欠款时，法院的判决会依据具体情况来做出。以下是我根据相关法律法规和常见法律实践，为您详细解析法院可能的判决方式：
核心结论：
法院会首先审查双方债权债务的合法性和真实性，然后根据债务的种类、品质以及履行期限等因素，综合考虑后做出判决。
具体分析：
审查债权债务的合法性和真实性：
- 法院会严格审查双方提供的证据，如借条、转账记录、合同等，以确认债权债务的存在和合法性。
- 只有合法且有效的债权，才会被法院认可并纳入判决考虑范围。
债务种类相同的情况：
- 若双方债务种类、品质相同，如均为金钱债务，且已到期，法院可能会依据《民法典》中关于抵销的规定，确定各自债务数额后进行抵销。
- 抵销后，仅就差额部分判决清偿，即一方需向另一方支付抵销后的剩余金额。
债务种类不同的情况：
- 若双方债务种类、品质不同，如一方为金钱债务，另一方为货物或服务债务，则不能直接抵销。
- 法院会分别审查每笔债务的情况，根据证据和法律规定，判决各自债务的履行情况。
- 在此情况下，法院会确保双方的权益得到公正处理，不会简单地将两笔债务相互抵销。
债务履行期限的考虑：
- 若一方债务已到期，另一方债务未到期，到期方有权主张抵销，但需给对方留出合理的准备时间。
- 若双方债务履行期限均未届满，法院可能会等待期限届满后再处理，或者根据具体情况做出其他判决。
举例说明：
假设小何和小李互有欠款，小何欠小李5万元（已到期），小李欠小何8万元（未到期）。小何主张抵销后只还3万元，而小李要求等自己的债务到期后再处理。在此情况下，法院可能会：
- 首先审查两笔债务的合法性和真实性。
- 确认债务种类不同后，分别审查每笔债务的情况。
- 考虑到小何的债务已到期，小李的债务未到期，法院可能会判决小何在合理准备时间内向小李支付5万元，同时保留对小李8万元债权的追索权，待小李债务到期后再行处理。
综上所述，当双方互有欠款时，法院的判决会综合考虑多种因素，包括债权债务的合法性和真实性、债务的种类和品质、履行期限等。因此，在处理此类纠纷时，建议双方保持冷静，积极提供证据，并寻求专业律师的帮助以维护自己的合法权益。