闯两个红灯被扣12分不能分开处理。

根据我国相关法律规定，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分，将面临严格的法律后果。首先，公安机关交通管理部门将扣留其机动车驾驶证，以确保道路交通安全，防止存在严重交通违法行为的驾驶人继续上路行驶。被扣留驾驶证后，驾驶人必须按照规定的流程参加为期7日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并通过考试合格后，方可重新获得驾驶证并恢复驾驶资格。

具体来说，处理流程如下：

1. 驾驶证暂扣：当驾驶人因两次闯红灯等交通违法行为累计扣分达到12分时，交警部门会依法扣留其驾驶证，驾驶人此时失去合法驾驶资格，不得继续驾驶机动车。

2. 参加学习考试：

   • 驾驶人需在十五日内到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
   • 学习结束后，需在二十日内参加道路交通安全法律、法规和相关知识考试（科目一）。

3. 恢复驾驶资格：

   • 考试合格后，记分予以清除，并发还机动车驾驶证，驾驶人才可再次合法驾驶机动车。
   • 若考试不合格，驾驶人需继续参加学习和考试，直至合格为止。

4. 拒不参加学习的后果：

   • 若驾驶人拒不参加学习也不接受考试，公安机关交通管理部门将公告其机动车驾驶证停止使用。

因此，闯两个红灯被扣12分后，驾驶人应严格遵守法律规定，不得继续驾驶机动车，而是应积极参加学习与考试，待记分清除并重新取得驾驶证后再继续驾驶。这样不仅能确保自身合法权益，更能维护道路交通的安全与秩序。