针对工厂运费没有支付的问题，您可以按照以下步骤进行处理：

一、明确支付责任与期限

首先，根据修订后的《保障中小企业款项支付条例》，您需要确认运费支付的责任方以及约定的支付期限。

• 支付责任方：通常，运费支付责任由购买方或合同约定的付款方承担。
• 支付期限：根据条例，机关、事业单位应在货物、工程、服务交付之日起30日内支付款项，最长不得超过60日；大型企业则应在60日内支付，合同另有约定的除外，但应按行业规范、交易习惯合理约定。

二、沟通协商

如果运费已超过约定的支付期限，您应首先尝试与支付责任方进行沟通协商，了解未支付的原因，并寻求解决方案。可以通过电话、邮件或面对面会议等方式进行协商。

三、发送催款通知

如果沟通协商无果，您可以向支付责任方发送正式的催款通知。催款通知应明确列出运费金额、支付期限、逾期支付的后果等，并要求对方在指定时间内支付款项。

四、利用法律武器

如果催款通知仍然无效，您可以考虑采取法律手段来维护自身权益。根据《保障中小企业款项支付条例》，您有权向相关部门投诉或寻求法律援助。

• 投诉：您可以向国务院负责中小企业促进工作综合管理的部门建立的国家统一的拖欠中小企业款项投诉平台投诉，或者向当地人民政府、行业监管部门等反映情况。
• 法律诉讼：如果必要，您还可以向法院提起诉讼，要求支付责任方支付运费及逾期利息等。

五、寻求其他帮助

除了法律手段外，您还可以考虑寻求行业协会、商会等组织的帮助，通过行业自律和协调机制来解决问题。

六、注意事项

在处理工厂运费未支付的问题时，您应注意以下几点：

• 保留证据：确保您拥有完整的合同、发票、交货单等证据，以证明运费的存在和支付责任。
• 合理合法：在采取任何行动时，都应遵守法律法规，避免采取过激或不合法的手段。
• 及时跟进：无论是沟通协商还是法律诉讼，都应及时跟进并关注进展，确保问题得到有效解决。

综上所述，处理工厂运费未支付的问题需要您明确支付责任与期限、沟通协商、发送催款通知、利用法律武器以及寻求其他帮助。希望这些建议能对您有所帮助。