公司培训占用员工休息时间，通常是不合法的。对于企业而言，组织培训不应擅自占用劳动者的休息时间段。由于此类行为往往伴随有强迫性质，根据劳动法律以及相关的管理条例规定，这种做法通常将被视为加班行为。因此，企业应当向职工支付相应的加班报酬。

以下是对此问题的详细分析：

一、合法性的判断依据

1. 《劳动法》的相关规定：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；在特殊情况下，延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。这意味着，如果公司要占用员工的休息时间进行培训，必须与员工进行协商，并支付相应的加班报酬。

2. 加班报酬的支付：

   • 根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的150%的报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的300%的报酬。因此，如果公司占用员工休息时间进行培训且未支付加班报酬，将违反法律规定。

二、合法与不合法的情况分析

1. 合法的情况：

   • 培训是员工自愿参加的，且公司未采取任何强制或胁迫手段。
   • 公司与员工就培训时间进行了充分协商，并取得了员工的同意，同时按照法律规定支付了加班报酬。
   • 某些特定行业或岗位，由于工作性质或监管要求，可能需要在下班时间进行必要的培训，且这种培训是合法且必要的。

2. 不合法的情况：

   • 公司无正当理由强制要求员工参加下班时间的培训，剥夺了员工的休息权利。
   • 公司安排员工在下班时间参加培训，但未按照法律规定支付加班报酬。

三、员工权益保护

• 拒绝权：员工有权拒绝公司未经协商或未支付加班费而强制要求的下班时间培训。
• 举报与投诉：如果公司存在违法行为，员工可以向劳动监察部门举报或投诉，以维护自己的合法权益。

综上所述，公司培训占用员工休息时间通常是不合法的。公司应严格遵守劳动法律法规，尊重员工的权益和意愿，合法合理地安排员工培训活动。如果员工遇到此类问题，可以向公司提出质疑并要求支付加班报酬；如果公司拒绝改正，员工可以向劳动监察部门寻求帮助。