合同第一份作废的处理方式需要遵循一定的步骤来确保双方权益，并避免后续可能出现的纠纷。以下是对该问题的详细解答：

一、明确合同作废的意愿

首先，双方应就合同作废事宜进行充分沟通，并达成明确一致。这一步骤是合同作废的基础，确保双方对合同不再具有履行的意愿和义务。

二、签订书面协议或注明作废信息

1. 签订书面协议：双方可以签订一份新的书面协议，明确表明原合同作废，并注明作废的日期、原因等关键信息。
2. 在原合同上注明：如果双方同意，也可以直接在原合同上注明“作废”字样及作废日期，并由双方签字或盖章确认。

三、处理已履行部分

对于合同已经履行的部分，双方应根据履行情况及原合同的约定进行结算。如果已交付的货物或服务符合质量等要求，应按照约定支付相应价款；如果存在质量问题等，可依据原合同的约定及相关法律规定协商解决，如退换货、减价等。

四、妥善处理相关文件资料

1. 销毁或作废标记：双方持有的合同原件应销毁或作明显的作废标记，以防止被不当使用。销毁方式可以是撕毁、焚烧或粉碎等，确保合同无法再被恢复或利用。
2. 保存电子数据和纸质文件：对于与合同相关的往来信函、传真、电子邮件等电子数据和纸质文件，应分类整理并妥善保存一定期限。这些文件可能作为后续查询、审计或解决纠纷的依据。

五、通知相关第三方

如果合同作废涉及第三方权益，如担保方、供应商等，应及时通知相关第三方，明确告知合同作废情况，并就相关事宜与第三方协商妥善解决办法。这一步骤有助于避免给第三方造成不必要的误解或损失。

六、遵守法律规定

在合同作废的过程中，双方应遵守《民法典》等相关法律规定。特别是要注意，合同想要作废一定要取得双方的同意，否则就是违约行为，擅自作废合同的一方需要承担相应的违约责任。

综上所述，处理作废的第一份合同需要双方明确意愿、签订书面协议或注明作废信息、处理已履行部分、妥善处理相关文件资料、通知相关第三方以及遵守法律规定。这些步骤有助于确保双方权益得到保障，并避免后续可能出现的纠纷。