针对您提出的“违法占地被处罚后未归还土地是否还要处罚，以及自然资源部门如何处理”的问题，以下是我给出的详细解答：
首先，根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，并根据具体情况进行相应处罚。这包括限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，可能没收在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。
对于您提到的“违法占地被处罚后未归还土地是否还要处罚”的情况，答案是肯定的。如果违法行为人在被处罚后仍然拒不返还非法占用的土地，县级以上人民政府自然资源主管部门有权再次进行处罚，这通常包括责令交还土地并处以罚款。罚款的金额会根据非法占用土地的面积、性质、情节严重程度等因素来确定。
接下来，关于自然资源部门的处理流程，我为您梳理如下：
调查取证：自然资源主管部门在接到相关举报或发现线索后，会立即展开调查，通过现场勘查、询问相关人员、查阅土地审批文件等方式，收集证据，确定是否存在非法占用土地以及拒不返还的事实。
责令改正：一旦调查确认存在违法事实，自然资源主管部门会向违法行为人下达责令交还土地的通知书，明确交还的时间、方式等具体要求，要求其在规定的期限内交还非法占用的土地。
处以罚款：如果违法行为人在规定期限内仍未交还土地，自然资源主管部门将根据具体情况处以相应的罚款。
强制执行（如有必要）：若违法行为人拒不履行责令交还土地的决定和缴纳罚款的义务，自然资源主管部门有权申请人民法院强制执行。人民法院可以采取查封、扣押、拍卖等措施来强制执行，确保土地得到及时回收和合理利用。
最后，我想通过一个案例来进一步说明这个问题。假设某企业在未取得合法用地手续的情况下，擅自占用了一片集体土地用于建设厂房。当地自然资源主管部门在巡查中发现该违法行为后，按照上述流程进行了处理。最终，在多次催告和处罚无果的情况下，申请了人民法院强制执行，成功拆除了违法建筑，收回了被非法占用的土地。
综上所述，对于违法占地被处罚后未归还土地的情况，自然资源部门会依法进行再次处罚，并通过一系列措施确保土地得到及时回收和合理利用。希望这个解答能够对您有所帮助。