半挂车超载超百吨，将面临五百元以上二千元以下罚款，公安机关交通管理部门还将扣留机动车至违法状态消除，并可能对运输单位的主管人员处以罚款。具体分析如下：
罚款规定：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。超百吨显然远超过核定载质量，因此将面临五百元以上二千元以下的罚款。
扣留机动车：
- 同样依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，有超载行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。这意味着，超载的半挂车必须被扣留，直至其不再超载。
对运输单位的处理：
- 如果运输单位的车辆有超载行为，并且经处罚不改，根据同一法条，对直接负责的主管人员将处二千元以上五千元以下罚款。
其他可能的处罚：
- 超载行为还可能导致驾驶人被记分，甚至吊销驾驶证等严重后果。此外，如果因超载导致交通事故，驾驶人员还应当承担相应的刑事责任。
综上所述，半挂车超载超百吨是严重的交通违法行为，将面临严厉的处罚。我建议驾驶人员严格遵守道路交通安全法律法规，避免超载行为的发生，以确保自身和他人的生命安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。