结论前置：公务员超过退休年龄未办退休手续违纪，其身份认定（按在职还是退休处理）需根据具体情况及单位规定来确定，通常需结合违纪行为发生的时间点、未办理退休手续的原因、以及单位对此类情况的处理规定等因素综合判断。
详细分析：
一般情况：公务员达到法定退休年龄后，应及时办理退休手续。若因个人原因或单位疏忽未能及时办理，但公务员实际上已停止工作并享受退休待遇（如已开始领取养老金），则在违纪行为发生时，更可能被视为退休状态。此时，对其违纪行为的处理应参照退休公务员的相关规定。
特殊情况：若公务员虽达到退休年龄，但因工作需要或单位安排继续在职工作，且未办理退休手续，同时仍享受在职公务员的待遇和权利，则在违纪行为发生时，可能仍被视为在职状态。此时，对其违纪行为的处理应参照在职公务员的相关规定。
单位规定：除了上述一般情况外，还需特别关注公务员所在单位的具体规定。有些单位可能对超过退休年龄未办退休手续的公务员有特别的处理规定，如视为在职、退休或按其他方式处理。因此，在处理此类问题时，应首先查阅并遵循单位的相关规定。
综上所述，公务员超过退休年龄未办退休手续违纪时，其身份认定需综合考虑多种因素，包括违纪行为发生的时间点、未办理退休手续的原因、以及单位对此类情况的处理规定等。在处理具体案件时，应仔细分析案情，并依据相关法律法规和单位规定作出准确判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。