首先，您和他合伙办了采矿证，但他之后偷偷以此证注册了公司且没有您的股份，这明显侵犯了您的合法权益。针对这种情况，您可以采取以下措施：

1. 明确合伙关系与权益：

   • 回顾您与他之间的合伙协议或相关约定，明确双方在采矿证及后续公司注册中的权益分配。
   • 如果合伙协议中明确规定了您的权益，那么您可以依据此协议要求他履行约定，或者通过法律途径维护您的权益。

2. 收集证据，提起诉讼：

   • 收集所有与合伙、采矿证及公司注册相关的证据，包括但不限于合伙协议、采矿证办理文件、公司注册资料等。
   • 咨询专业律师（比如我），了解具体的法律诉讼流程，并准备充分的证据材料，向法院提起诉讼，要求确认您的合伙权益，或者要求他赔偿您因此遭受的损失。

3. 寻求行政或行业监管部门的帮助：

   • 如果他的行为涉嫌违反相关法律法规或行业规定，您可以向当地的工商行政部门、矿产资源管理部门等投诉举报，要求他们介入调查并处理。

4. 协商或调解：

   • 在提起诉讼之前，您也可以尝试与他进行协商或调解，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。
   • 如果协商或调解成功，可以签订书面的和解协议，明确双方的权益和义务，以避免后续的纠纷。

综上所述，您可以通过明确合伙关系与权益、收集证据并提起诉讼、寻求行政或行业监管部门的帮助以及协商或调解等方式来维护您的合法权益。如果您在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。