等了两个红绿灯是否会被扣分，主要取决于您在等待过程中的具体行为以及当地的交通法规。一般来说，如果是因为交通拥堵或者信号灯故障导致的等待，且您在此期间没有违反任何交通规则，比如没有闯红灯、没有压实线变道等，那么通常是不会被扣分的。

然而，如果您在等待过程中违反了交通规则，比如闯红灯、不按规定车道行驶、压实线变道等，那么就有可能会被扣分和罚款。此外，如果当地的交通法规有特别规定，比如某些路段禁止停车等待或者等待时间有限制，那么您也有可能会因为违反这些规定而被扣分和罚款。

如果您确实因为等待红绿灯而被扣分了，您可以先查询一下当地的交通法规，了解具体的扣分原因和罚款金额。如果您对扣分有异议，可以向当地的交通管理部门提出申诉，提供相关证据来证明自己没有违反交通规则。如果申诉成功，扣分和罚款有可能会被取消。

为了避免因为等待红绿灯而被扣分，建议您在驾驶过程中严格遵守交通规则，注意观察交通信号灯和交通标志，保持与前车的安全距离，以便能够及时反应和避免违反交通规则。同时，也要注意了解当地的交通法规，避免因为不了解规定而误犯规则。