遇到员工恶意仲裁，公司应积极应对，以下是我给出的具体建议：

1. 全力收集证据：

   • 日常管理中，应认真留存员工相关的各类文件，如邮件、会议记录、考勤记录、工作任务安排、绩效考核等，以证明公司行为合法合规，以及员工恶意仲裁的事实。
   • 证据是维权的基础，充足的证据能够有力支撑公司的观点，反驳员工的不合理诉求。

2. 积极答辩与应诉：

   • 收到仲裁通知后，公司应依据法定程序积极应诉，按时提交答辩书和证据。
   • 答辩状应条理清晰，准确引用相关法律法规条款，详细阐述公司的立场和事实依据。
   • 按时参加庭审，有序陈述事实和出示证据，助力仲裁机构准确判断。

3. 深入了解仲裁程序与规定：

   • 对仲裁的各个环节和规定进行深入了解，以便在应对仲裁时更加得心应手。
   • 关注仲裁时效，确保在规定的时效内进行答辩和举证，避免因时效问题而遭遇不利后果。

4. 尝试沟通与协商：

   • 在仲裁程序之外，公司可尝试与员工进行沟通，了解他们的真实意图，看是否有通过协商来解决问题的可能。
   • 沟通协商有助于缓解矛盾，避免仲裁进一步升级，同时也能节省时间和成本。

5. 法律途径维权：

   • 若对仲裁结果不服，公司可在规定时间内向法院提起诉讼，通过法院审理查明事实，维护自身合法权益。
   • 若仲裁裁决存在适用法律、法规错误，或仲裁员有索贿受贿、徇私舞弊、枉法裁决行为等，公司可申请撤销仲裁裁决。

6. 内部自查与改进：

   • 仲裁结束后，公司应仔细检查内部管理制度，确保符合法律法规要求。
   • 针对管理中存在的漏洞，公司应及时加以改进，防止类似恶意仲裁再次发生。

综上所述，面对员工恶意仲裁，公司应保持冷静，积极收集证据，深入了解仲裁程序与规定，积极答辩与应诉，并尝试与员工进行沟通协商。若仲裁结果不利，公司可通过法律途径维护自身合法权益。同时，公司也应加强内部管理，确保合规运营，以防范类似风险的发生。