房产协议中约定男方占四成、女方占六成是合法的。只要这份协议是双方自愿签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么它就是具有法律效力的。

在房产协议中，双方可以根据自己的意愿和实际情况来约定各自在房产中的份额。这种约定体现了双方的意思自治，是受到法律保护的。无论是男方占四成、女方占六成，还是其他任何比例的分配，只要双方达成一致，并且协议内容合法，那么这份协议就是有效的。

当然，如果后续双方因为这份协议产生纠纷，可以首先尝试通过协商的方式解决。如果协商不成，也可以寻求法律途径，比如通过诉讼或仲裁等方式来维护自己的权益。

总之，房产协议中男方四成女方六成的约定是合法的，只要协议内容真实、合法、有效，双方就应该按照协议来履行各自的义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。