一年内变更注册单位两次办理资质是否不予认可，取决于具体的法律法规和行政规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 住建部及地方住建局的相关规定

1. 住建部通知：

   • 住建部发布的通知中明确，对于聘用一年内变更注册单位2次及以上的职业资格人员的企业，将作为重点核查对象。这意味着，虽然变更注册单位两次本身不一定导致资质不予认可，但这样的企业会面临更严格的资质动态核查。

2. 地方住建局的具体实施：

   • 以武汉住建局为例，其公布的资质审查意见指出，“1年内在3家企业注册的一级建造师，且无近3个月社保，不予通过。”这显示了地方住建局在实际操作中，对于频繁变更注册单位且可能存在挂靠行为的建造师，会采取更为严格的审查标准，甚至可能导致资质不予认可。

二. 频繁变更注册单位的影响

1. 对企业的影响：

   • 聘用频繁变更注册单位的建造师的企业，可能会面临资质异常的标注和相关的监管措施。被标注为“资质异常”的企业，在被标注期间不得申请建设工程企业资质许可事项，这将对企业的正常运营和市场竞争力产生不利影响。

2. 对建造师个人的影响：

   • 建造师频繁变更注册单位，不仅可能影响其所在企业的资质申请和审批，还可能对其个人职业声誉和未来的职业发展造成负面影响。例如，某些地区对于一年内重新注册4次及以上的二级建造师，实行先查后审，并可能将其列入异常监管对象。

三. 合规建议

1. 加强沟通：

   • 建造师在选择注册单位时，应充分了解企业的资质和信誉情况，并与企业保持沟通，确保双方的合作意愿和条件相符。

2. 合规操作：

   • 建造师应遵守相关规定，避免频繁变更注册单位。如果确实需要变更注册单位，应按照规定程序进行申请和审批。

3. 关注政策：

   • 建造师和企业应密切关注住建部和相关部门的政策动态，及时了解最新的资质核查要求和标准。

综上所述，一年内变更注册单位两次并不直接导致办理资质不予认可，但这样的行为可能引发更严格的资质核查和监管措施。因此，建造师和企业应谨慎对待注册单位的变更，确保合规操作，以维护自身的合法权益和市场竞争地位。如有进一步需要，您可以继续咨询我。