父亲有案底不影响子女与军人结婚。结婚是男女双方自由自愿的行为，只要双方符合《中华人民共和国民法典》中关于结婚的规定，即可登记结婚。以下是详细分析：

一. 结婚自由

• 根据《中华人民共和国民法典》第一千零四十六条，结婚应当男女双方完全自愿，禁止任何一方对另一方加以强迫，禁止任何组织或者个人加以干涉。这意味着，只要男女双方自愿，且没有其他法律禁止结婚的情形，他们就可以结婚。

二. 军婚的特别规定

• 军婚，即与现役军人形成的婚姻关系，受到国家法律的特别保护。然而，关于军婚的特别规定主要集中在保护军婚不受破坏，以及对军人配偶的政治可靠性有一定要求，但并未规定军人的配偶或其父母不能有案底。

三. 父亲有案底的影响

• 父亲有案底主要影响的是其个人的法律记录和信誉，而不会对子女的结婚权利产生直接影响。在军婚中，虽然军人的配偶需要经过一定的政治审查，但这一审查主要关注的是配偶本人的政治立场、思想品质等，并不直接涉及配偶父母的情况。
• 需要注意的是，虽然父亲有案底不影响子女与军人结婚，但在某些特定情况下，如军人从事的是高度机密或敏感工作，其配偶及其家庭成员的背景可能会受到更为严格的审查。在这种情况下，父亲有案底可能会对子女的军婚产生一定影响。

综上所述，父亲有案底并不影响子女与军人结婚。然而，在特定情况下，如军人工作性质的特殊性，可能会需要对配偶及其家庭成员进行更为严格的政治审查。如有进一步需要，您可以继续咨询我。