农民工工资保证金不属于工程款。下面是对此结论的详细分析：

一. 农民工工资保证金的性质

• 根据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，这项保证金是专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。这表明，农民工工资保证金具有专门的用途，即保障农民工的工资支付，而非作为工程款的一部分。

二. 工程款与保证金的区别

• 工程款是发包人根据施工图纸、验收规范和质量检验标准，在建设工程竣工并验收合格后，按照约定支付给承包人的价款。这是对于承包人完成工程建设任务的报酬。
• 而农民工工资保证金则是一种预防措施，用于确保农民工在工资被拖欠时能够得到及时的支付，它并不构成工程款的一部分，也不随工程款的支付而减少或消灭。

三. 农民工工资保证金的独立性

• 《保障农民工工资支付条例》第三十三条进一步规定，除法律另有规定外，农民工工资专用账户资金和工资保证金不得因支付为本项目提供劳动的农民工工资之外的原因被查封、冻结或者划拨。这强调了农民工工资保证金的独立性，即它不被视为工程款，也不受工程款支付情况的影响。

综上所述，农民工工资保证金是专门用于保障农民工工资支付的资金，它不属于工程款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。