摩托车水冷换风冷发动机不合法。

一. 法律依据

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条，任何单位或者个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，这其中包括改变机动车的发动机。摩托车发动机从水冷换为风冷，显然属于擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，因此违反这一法律规定。

二. 合法流程

虽然更换发动机本身并非违法行为，但机动车所有人必须按照《机动车登记规定》第十条的规定，向登记地车辆管理所申请变更登记。这包括更换发动机在内的多种变更情形，机动车所有人应当在变更后十日内向车辆管理所申请变更登记。

三. 安全隐患与后果

擅自更换发动机可能带来安全隐患，因为新换的发动机可能与原车的其他系统不匹配，导致性能不稳定，甚至可能引发交通事故。此外，如果更换的发动机来源不明或质量不可靠，还可能存在更多的安全风险。同时，换发动机后，车辆的保值率可能会受到影响，且在车辆发生事故时，保险公司可能会因为车辆经过非法改装而拒绝赔偿。

四. 我的观点

我建议摩托车车主在更换发动机时，务必遵守法律法规，按照合法流程进行变更登记。这不仅是对法律的尊重，也是对自己和他人安全的负责。如有进一步需要，您可以继续咨询我。