抖店违规扣除违约金的规则根据违规行为的情节严重程度而定。具体扣除方式和标准如下：

一. 一般违规行为的违约金扣除

1. 累计积分制度：

   • 抖音平台对商家的违规行为实行积分累计制度。当一般违规行为积分累计达到12分时，会扣除违约金2000元。
   • 若一般违规行为积分累计达到24分，除了扣除2000元违约金外，还会对商家进行停业整顿3天的处罚，并要求商家参加相关考试。

2. 违约金扣除方式：

   • 违约金可以从商家的货款或保证金账户中扣除。若商家签署了允许扣货款协议，将优先从货款中扣除。
   • 若商家选择缴纳违约金以继续经营，需确保其资金账户状态正常，且资金来源合法。

二. 严重违规行为的违约金扣除

1. 累计积分与处罚：

   • 严重违规行为同样实行积分累计制度。当严重违规行为积分累计达到4分时，会扣除违约金2000元，并对商家进行停业整顿3天的处罚，同时要求商家参加相关考试。
   • 若严重违规行为积分累计达到8分，则停业整顿7天，扣除违约金5000元，并要求商家参加考试。
   • 当严重违规行为积分累计达到12分时，平台将对店铺进行直接清退，并扣除全部保证金。

2. 特定违规情形的额外处罚：

   • 对于某些特定违规情形，如商品质量严重不合格、售假等，平台可能会采取更严厉的处罚措施，包括但不限于直接清退店铺、扣除高额违约金等。

三. 其他违规处理措施

除了扣除违约金外，平台还可能采取其他处理措施，如公示警告、限制店铺权限（如限制参与营销活动、搜索降权、搜索屏蔽等）、商品管理（如商品下架、商品封禁等）、清退店铺、关联店铺/账号处理等。

我的观点：商家在经营抖店时，应严格遵守平台规则，避免违规行为的发生。一旦发生违规，商家应及时整改并接受平台的处罚。若对处罚有异议，可通过平台提供的申诉渠道进行申诉。同时，商家也应关注平台规则的更新和变化，及时调整经营策略以适应平台的要求。