当中院申请了工程鉴定时，您应当配合鉴定程序，并根据鉴定结果进行相应的诉讼准备。具体处理方式如下：

一. 配合鉴定程序

1. 了解鉴定内容：首先，您需要明确中院申请的工程鉴定的具体内容，包括鉴定的范围、目的以及所需提交的材料等。
2. 提交相关材料：根据中院的要求，及时、完整地提交与鉴定相关的所有材料，如工程图纸、合同文件、施工记录等。
3. 参与鉴定过程：如有需要，您应积极参与鉴定过程，如提供现场解释、回答鉴定人员的问题等。

二. 等待并关注鉴定结果

1. 等待鉴定报告：鉴定完成后，鉴定机构会出具鉴定报告。您需要耐心等待报告的出具，并密切关注其内容。
2. 分析鉴定结果：收到鉴定报告后，您应仔细分析鉴定结果，判断其是否对您有利，以及是否需要进一步采取法律措施。

三. 根据鉴定结果进行诉讼准备

1. 若鉴定结果有利：若鉴定结果支持您的主张，您可以将鉴定报告作为重要证据，进一步推动诉讼进程。
2. 若鉴定结果不利：若鉴定结果对您不利，您需要认真考虑是否申请重新鉴定（需符合《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十条的情形），或者调整您的诉讼策略。

四. 特别注意

• 在整个鉴定过程中，务必保持与法院的沟通，及时了解鉴定进展和结果。
• 如对鉴定结果有异议，应及时向法院提出，并按照法定程序申请重新鉴定或提出其他法律救济措施。

我建议您在整个工程鉴定过程中，保持冷静和理性，积极配合鉴定程序，并根据鉴定结果灵活调整您的诉讼策略。如有进一步需要，您可以继续咨询我。