人民法院在组织诊断暂予监外执行时，若被告人不配合，可以采取多种法律措施来应对。以下是对这一问题的详细分析：

一. 明确暂予监外执行的条件

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十四条（现第二百六十五条）的规定，对被判处有期徒刑或者拘役的罪犯，有下列情形之一的，可以暂予监外执行：

1. 有严重疾病需要保外就医的；
2. 怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女；
3. 生活不能自理，适用暂予监外执行不致危害社会的。

这些条件构成了暂予监外执行的法律基础，人民法院在组织诊断时需要严格依据这些条件进行判断。

二. 被告人不配合的处理措施

1. 加强沟通与教育

   • 在组织诊断过程中，若被告人不配合，人民法院首先应加强与其的沟通，明确告知其暂予监外执行的条件和程序，以及不配合可能带来的法律后果。
   • 通过教育引导，促使被告人认识到配合诊断的重要性，并主动配合相关工作。

2. 采取强制措施

   • 若被告人经教育后仍不配合，人民法院可以依法采取强制措施。这包括但不限于对被告人进行必要的身体检查或医疗诊断，以确保诊断结果的准确性和公正性。
   • 在采取强制措施时，应严格遵守法律法规，确保被告人的合法权益不受侵犯。

3. 依法作出决定

   • 在完成诊断后，人民法院应根据诊断结果和被告人的实际情况，依法作出是否暂予监外执行的决定。
   • 若被告人不符合暂予监外执行的条件，或因其不配合导致无法准确判断其是否符合条件，人民法院应依法驳回其暂予监外执行的申请。

三. 加强监督与救济途径

1. 加强检察机关的监督

   • 在整个组织诊断过程中，人民检察院可以派员监督有关诊断、检查和鉴别活动，确保诊断工作的公正性和准确性。
   • 若发现人民法院在组织诊断过程中存在违法违规行为，检察机关有权提出纠正意见或依法进行监督。

2. 建立申诉程序

   • 对于被告人对人民法院的决定不服的情况，应建立相应的申诉程序，允许其向上级人民法院或相关机关提出申诉。
   • 通过申诉程序，可以进一步保障被告人的合法权益，确保暂予监外执行制度的公正性和准确性。

我的建议：在面对被告人不配合的情况时，人民法院应首先通过沟通与教育来解决问题；若沟通无果，则可依法采取强制措施并作出公正决定。同时，应加强检察机关的监督力度和建立有效的申诉程序，以确保暂予监外执行制度的公正实施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。