男女同居期间女方流产男方同意赔偿的协议，能得到法院支持。具体分析如下：

一. 协议的法律效力

1. 基于双方自愿：男女双方在同居期间，女方流产后，男方同意赔偿并达成书面协议，这一行为是基于双方自愿的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应遵循自愿原则，因此该协议在双方真实意思表示下达成，具有法律效力。
2. 协议内容的合法性：只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的合法权益，且双方对协议内容有充分的理解和认知，该协议即被视为合法有效。

二. 法院支持的可能性

1. 尊重当事人意思自治：法院在审理此类案件时，会尊重当事人的意思自治原则。既然双方已经就赔偿事宜达成一致，并签订了书面协议，法院通常会认可并支持这一协议的有效性。
2. 协议的履行：如果男方在签订协议后反悔或拒绝履行赔偿义务，女方可以依据该协议向法院提起诉讼，要求男方按照协议内容履行赔偿义务。在证据充分、协议合法有效的情况下，法院很可能会支持女方的诉讼请求。

三. 特殊情况的考虑

• 当然，也存在一些特殊情况，如协议内容显失公平、存在欺诈或胁迫等情形，这时法院可能会根据具体情况对协议的效力进行审查，并作出相应的裁判。

我建议：在签订此类赔偿协议时，双方应确保协议内容的真实、合法、有效，并尽量明确赔偿的具体金额、支付方式、支付时间等细节，以避免后续产生不必要的纠纷。同时，如果双方对协议内容或法律效力存在疑问，可以寻求专业律师的帮助进行咨询和指导。如有进一步需要，您可以继续咨询我。