赔偿协议甲乙双方一般不可以分开签。以下是详细分析：

一. 赔偿协议签订的基本原则

1. 同时性：赔偿协议的签订通常需要甲乙双方同时在场，对协议内容达成一致后共同签署。这是为了确保双方对协议内容有充分的理解和认同，避免后续产生纠纷。
2. 一致性：协议内容需经双方协商一致，确保各自权益得到保障。分开签署可能导致双方对协议内容理解不一致，从而引发争议。

二. 相关法律法规

• 根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同的成立需要双方当事人意思表示一致，并采用书面形式签订。分开签署可能无法体现双方的真实意思表示，影响合同的效力。

三. 实际操作中的风险

• 证据风险：分开签署可能导致一方在签署后更改协议内容，或否认已签署的协议，给另一方带来证据上的困扰。
• 履行风险：分开签署的协议在履行过程中可能出现双方对条款理解不一致，导致履行困难或产生新的纠纷。

四. 建议

• 我建议甲乙双方应共同协商赔偿协议的内容，并在达成一致后同时签署，以确保协议的有效性和双方权益的保障。
• 如因特殊原因无法同时签署，可考虑采用电子签名、邮寄签署等合法有效的签署方式，并确保双方对协议内容有充分的理解和认同。

综上所述，赔偿协议甲乙双方一般不可以分开签，以确保协议的有效性和双方权益的保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。