市场监管部门在查处医药公司商业贿赂时，取证过程需要严谨且全面，以确保证据的合法性、真实性和关联性。以下是具体的取证方式：

一. 通过讯问和询问获取言词证据

1. 讯问犯罪嫌疑人：市场监管部门可以对涉嫌商业贿赂的医药公司相关人员进行讯问，以获取其口供，了解贿赂行为的具体细节。
2. 询问证人：包括了解情况的第三方，如其他医护人员、患者、医药公司员工等，他们的陈述可以支持贿赂行为的存在。

二. 通过查封、扣押等手段获取书证

1. 合同文书：检查医药公司与医疗机构、个人等签订的合同，看是否存在以贿赂为条件的条款。
2. 财务账目：对医药公司的财务账目进行详细审查，查找可疑的资金流动记录，如异常的大额支出、不明来源的收入等。
3. 银行账户和资金流动痕迹：通过银行流水等记录，追踪资金的流向，看是否存在与贿赂行为相关的资金转移。

三. 利用专业鉴定和技术手段

1. 专业鉴定：对于涉及专业事实或专业问题的证据，可以聘请专业鉴定机构进行鉴定，以确保证据的真实性和关联性。
2. 技术手段：在必要时，可以依法采取技术侦查措施，如安装隐藏摄像头、记录电话或微信聊天记录等，以获取更直接的证据。

四. 关注特定行为和模式

1. 滞留货款方式给予贿赂：部分医药销售企业以货款取代现金，通过“高开低结”方式给予医疗机构贿赂。市场监管部门应关注医疗机构账目中应付账款的长期挂账情况，以及医药公司与医疗机构之间的货款结算记录。
2. 以现金折扣名义给予贿赂：部分医药公司以“现金折扣”为名行贿赂之实。市场监管部门应审查医药公司与医疗机构之间的结算账期和实际付款情况，看是否存在异常折扣。

五. 综合分析和判断

1. 账龄分析：通过财务软件账龄分析功能，关注长期未结或仅部分结算的交易记录，从而锁定可疑往来。
2. 进货记录比对：将财务账目与进货记录逐一对照，摸清交易实际发生情况，看是否存在差额部分供医疗机构或个人留用的情况。

我的观点：市场监管部门在查处医药公司商业贿赂时，应采取多种取证手段相结合的方式，以确保证据的充分性和有效性。同时，在取证过程中应严格遵守法律法规，保护当事人的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。