判决后发包人能将判付款项付给承包人。以下是详细的分析：

在建设工程合同中，发包人与承包人是合同的双方主体。当合同发生纠纷并经过法院判决后，判决书中通常会明确判定发包人应向承包人支付的款项金额及支付期限。此时，发包人应当按照判决书的要求，将判付款项支付给承包人。

1. 合同相对性原则：根据合同相对性原则，合同中的权利和义务是相对于合同双方而言的。因此，发包人作为合同的一方，有义务按照判决书的判定向承包人支付款项。

2. 判决的效力：法院的判决是有法律效力的，必须履行。如果发包人拒绝支付或未按照判决来履行，承包人有权向法院申请强制执行，要求发包人履行支付义务。

3. 支付方式的明确性：在判决书中，通常会明确支付的方式，如通过银行转账等方式将款项支付给承包人。发包人应当按照判决书明确的支付方式来进行支付。

综上所述，判决后发包人能将判付款项付给承包人，这是合同相对性原则和判决效力的体现。如果发包人未按照判决来履行支付义务，将面临法律上的不利后果。因此，建议发包人在判决后积极履行支付义务，避免不必要的法律纠纷。