在刑事案件中，如果有人指证且有转账记录，但犯罪嫌疑人拒不承认，司法机关会如何认定，这个问题涉及到刑事证据的审查和判断。

首先，结论是：司法机关会综合全案证据，包括指证、转账记录以及其他可能收集到的证据，进行全面、客观、公正的审查，以形成内心确信，从而作出有罪或无罪的认定。

接下来，我详细解释一下这个过程：

1. 证据的审查：

   • 指证：指证属于言词证据，司法机关会审查指证人的证言是否真实、可靠，包括指证人的身份、与案件的关系、作证时的精神状态以及是否存在逼供、诱供等情形。
   • 转账记录：转账记录属于物证或电子数据，司法机关会审查其来源、形成过程、是否经过篡改或伪造，以及是否与案件事实有关联。

2. 证据的综合判断：

   • 司法机关不会仅仅依据单一证据作出认定，而是会将指证、转账记录与其他证据（如现场勘查笔录、鉴定意见、视听资料等）进行比对、印证，形成完整的证据链。
   • 如果各项证据之间能够相互印证，形成闭合的证据体系，那么即使犯罪嫌疑人拒不承认，司法机关也可能根据这些证据作出有罪认定。

3. 犯罪嫌疑人的供述与辩解：

   • 犯罪嫌疑人的供述是重要证据之一，但并非必要证据。即使犯罪嫌疑人拒不承认，司法机关也不会因此直接作出无罪认定。
   • 司法机关会审查犯罪嫌疑人拒不承认的合理性、可信度，并结合其他证据进行综合判断。

4. 内心确信的形成：

   • 司法机关在审查判断证据的基础上，会形成对案件事实的内心确信。如果确信犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，就会作出有罪认定；如果确信犯罪嫌疑人没有实施犯罪行为，或者证据不足以证明其有罪，就会作出无罪认定。

综上所述，司法机关在有人指证且有转账记录但犯罪嫌疑人拒不承认的情况下，会综合全案证据进行全面、客观、公正的审查，并根据审查结果作出有罪或无罪的认定。如果你或你身边的人面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。