当主要责任方在互撞自赔中超出赔偿金额时，超出部分需由责任方按照事故责任比例自行承担。以下是针对这一问题的详细分析：
一. 明确互撞自赔的概念与限额
互撞自赔是指在机动车之间发生轻微互碰的交通事故时，如果各方均有责任，且损失都在交强险有责任财产损失赔偿限额2000元以内，不涉及人员伤亡和车外财产损失，各方车辆损失均由各自的保险公司在交强险财产损失赔偿限额内进行赔偿。
二. 处理超出赔偿金额的方式
走正常的保险理赔流程：
- 超出部分由双方按照事故责任比例分担。此时，需要及时向各自的保险公司报案，并提供相关的事故证明、定损报告等资料。
协商解决：
- 双方可以在保险公司定损的基础上，通过友好协商来确定超出部分的赔偿责任和金额。
三. 注意事项
保留现场证据：
- 包括事故现场的照片、视频、双方车辆的行驶证、驾驶证等信息，这对于后续的理赔和责任认定非常重要。
及时报案：
- 在事故发生后，应尽快向保险公司报案，遵循保险公司的指导进行后续处理。
配合定损：
- 保险公司会安排定损人员对车辆损失进行评估，被保险人应积极配合，确保定损结果的准确性。
注意保险条款：
- 不同的保险公司和保险产品在理赔规定上可能会有所差异，要仔细阅读自己所购买的保险条款，了解相关的赔偿范围和条件。
四. 其他建议
- 如果责任人无力承担超出部分的赔偿金额：
- 我建议与对方协商分期支付，明确期限、金额等细节并签订书面协议。
- 若对方同意，可向其投保的保险公司申请代位求偿，即由保险公司在保险责任范围内先行赔付，再由保险公司向责任人追偿。
- 若协商无果，对方可能会通过法律途径申请强制执行，法院会根据责任人的实际情况确定赔偿方式和期限。
综上所述，当主要责任方在互撞自赔中超出赔偿金额时，应明确超出部分的赔偿责任，并遵循相关法律法规和保险条款进行处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。