针对“案件事实不清的不予处罚是否还会上报纪委”这一问题，首先我们需要明确几个关键点：一是“案件事实不清”，二是“不予处罚”，三是“上报纪委”。接下来，我将从这几个方面进行深入分析。

1. 案件事实不清：在司法行政程序中，案件事实的清晰是作出处罚决定的基础。如果案件事实不清，那么依据“疑罪从无”或“证据不足不予处罚”的原则，相关机关通常会作出不予处罚的决定。

2. 不予处罚：不予处罚决定意味着，由于证据不足、事实不清或其他法定原因，行政机关决定不对当事人进行行政处罚。这一决定是行政机关依法行使裁量权的结果。

3. 上报纪委：纪委是党的纪律检查机关，主要负责党内监督、执纪问责等工作。上报纪委通常涉及党员干部的违纪违法行为。然而，对于行政机关作出的不予处罚决定，是否需要上报纪委，并非由行政机关直接决定，而是取决于该不予处罚决定是否涉及党员干部的违纪违法问题，以及是否有必要由纪委进行进一步调查或监督。

综上所述，案件事实不清导致的不予处罚决定，并不直接等同于需要上报纪委。是否上报纪委，应基于该案件是否涉及党员干部的违纪违法问题，以及纪委是否需要进行监督或调查。如果案件仅涉及行政违法行为，且因事实不清而不予处罚，那么通常不需要上报纪委。但如果案件涉及党员干部的违纪违法问题，或者存在其他需要纪委介入的情况，那么行政机关可能会根据相关规定和程序，将案件上报纪委进行进一步处理。

因此，不能一概而论地说案件事实不清的不予处罚就会上报纪委，而应根据具体情况进行判断。如果你有更具体的案件情况或法律疑问，可以直接向我咨询。