在变更公司登记纠纷案件中，通常不会一并处理股东资格确认纠纷或者股东会决议效力纠纷。下面我将对此进行详细分析：

一. 变更公司登记纠纷与股东资格确认纠纷、股东会决议效力纠纷的性质不同

1. 变更公司登记纠纷：这主要涉及到公司登记事项的变更，如公司名称、法定代表人、注册资本、股东信息等，通常是由于公司内部或外部因素导致需要变更登记事项而引发的纠纷。
2. 股东资格确认纠纷：这是关于股东身份及其权益的确认问题，可能涉及到股东资格的取得、丧失、转让等，与变更公司登记纠纷在性质上有所不同。
3. 股东会决议效力纠纷：这是关于股东会决议的合法性、有效性等问题的纠纷，主要涉及到公司治理结构中的决策程序，与变更公司登记纠纷同样在性质上存在差异。

二. 法律程序与审理原则

1. 分别审理原则：根据《民事诉讼法》的相关规定，不同性质的纠纷应当分别审理，以确保案件的公正性和效率。因此，变更公司登记纠纷、股东资格确认纠纷和股东会决议效力纠纷通常会被视为独立的诉讼标的，分别进行审理。
2. 避免混淆与拖延：将不同性质的纠纷合并审理可能会导致案件审理的混淆和拖延，不利于纠纷的及时解决。因此，法院通常会根据纠纷的性质和实际情况，决定是否合并审理。

三. 实际案例与操作

• 在实际司法实践中，法院通常会根据案件的具体情况和当事人的诉讼请求，决定是否将不同性质的纠纷合并审理。但一般情况下，变更公司登记纠纷与股东资格确认纠纷、股东会决议效力纠纷由于性质不同，不会被一并处理。

我建议：在处理变更公司登记纠纷时，如果同时涉及到股东资格确认或股东会决议效力的问题，应当分别提起诉讼，以确保案件的公正、高效处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。