公路局对施工单位采取的惩罚主要包括责令改正、罚款、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书以及追究刑事责任等。具体分析如下：

一. 责令改正与罚款

• 根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，若施工单位未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工，公路局可以责令其改正，并对不符合开工条件的责令停止施工，同时可以处以罚款。

二. 责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书

• 根据《建设工程安全生产管理条例》第六十五条，施工单位若存在如安全防护用具未经查验即投入使用、使用未经验收的施工起重机械等行为，且逾期未改正的，公路局可以责令其停业整顿，并处以10万元以上30万元以下的罚款。情节严重的，还可以降低其资质等级，直至吊销资质证书。

三. 追究刑事责任

• 同样根据《建设工程安全生产管理条例》第六十五条和第六十六条，若施工单位的行为造成重大安全事故，构成犯罪的，公路局可以依法追究直接责任人员的刑事责任。对于施工单位的主要负责人、项目负责人，若其未履行安全生产管理职责导致重大安全事故，构成犯罪的，也将依法追究刑事责任。

四. 其他行政处罚

• 根据《中华人民共和国行政处罚法》第九条，除了上述惩罚措施外，公路局还可以根据具体情况，对施工单位采取警告、通报批评、没收违法所得、没收非法财物、暂扣许可证件、限制开展生产经营活动、责令关闭、限制从业等行政处罚措施。

综上所述，公路局对施工单位采取的惩罚措施多种多样，具体采取何种措施将根据施工单位的违法行为性质、情节严重程度以及造成的后果等因素综合考虑。如有进一步需要，您可以继续咨询我。