公司虚开发票被查出来是严重的。具体分析如下：
一. 虚开发票的法律后果
- 刑罚处罚：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，将面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。若虚开的税款数额较大或有其他严重情节，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。在情节特别严重的情况下，甚至可能面临十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
- 对单位及个人的双重处罚：单位犯此罪的，不仅单位会被判处罚金，而且直接负责的主管人员和其他直接责任人员也会面临相应的刑罚。
二. 虚开发票对公司的实际影响
- 财务损失：公司因虚开发票被查，将面临税务部门的罚款、补缴税款及滞纳金等，这将直接增加公司的财务负担。
- 信誉损害：虚开发票行为一旦曝光，公司的商业信誉将受到严重损害，可能导致合作伙伴的流失和市场信任的下降。
- 经营困境：在极端情况下，虚开发票可能导致公司陷入经营困境，甚至面临破产的风险。
三. 对社会的影响
虚开发票扰乱了国家的税收征管秩序，导致国家税收流失，损害了广大纳税人的利益和社会公共利益，对整个市场经济的健康发展产生不良影响。
我建议：公司应严格遵守税收管理法律法规，确保发票的真实性和合法性。财务人员作为公司财务管理的重要一环，有责任确保财务活动的合法合规性，并时刻保持警惕，防止任何形式的违法违规行为发生。一旦发现公司有虚开发票的行为，应立即向相关部门报告，并配合调查和处理，以减轻可能的法律后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。