违反知识产权保护法所缴纳的罚款应到指定银行缴纳，并最终上缴国库。具体分析如下：
一. 罚款缴纳流程
- 罚缴分离原则：根据罚缴分离的原则，作出罚款决定的行政机关应当与收缴罚款的机构分离。也就是说，当事人应当在法定期限内，到行政处罚决定书上指定的银行缴纳罚款，而不是直接交给行政机关。银行在收受罚款后，会直接将罚款上缴国库。
- 缴纳地点的确认：缴纳罚款的具体地点，包括银行账号，会在行政处罚决定书上明确注明。如果当事人对缴纳地点有疑问，也可以直接询问作出行政处罚的执法机关。
二. 特殊情况下的当场收缴
- 适用情形：在某些特殊情况下，如依法给予二十元以下的罚款，或者不当场收缴事后难以执行，以及边远、水上、交通不便地区当事人向银行缴纳罚款确有困难并提出请求时，执法人员可以当场收缴罚款。
- 收缴程序：当场收缴罚款时，执法人员必须向当事人出具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据。收缴的罚款应在规定时间内交至行政机关，再由行政机关缴付指定的银行。
三. 知识产权侵权处罚
对于侵犯知识产权的行为，如专利权、商标权和著作权等，行政机关在责令停止侵权的同时，可以对侵权行为处以罚款。罚款的具体数额和方式会依据侵权行为的严重程度和具体法律法规来确定。
综上所述，违反知识产权保护法所缴纳的罚款应到行政处罚决定书上指定的银行缴纳，并最终上缴国库。这是罚缴分离原则的具体体现，也是保障罚款公正、透明缴纳的重要措施。我建议当事人在收到行政处罚决定书后，仔细阅读相关内容，确保按照规定的程序和要求缴纳罚款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。