侵犯知识产权的处罚单位主要包括行政主管部门和司法机关，它们分别依据不同的法律情形对侵权行为进行处罚。以下是对这一问题的详细解答：
一、行政处罚单位及措施
当侵犯知识产权的行为尚未构成犯罪，但违反了相关行政法规时，相关行政主管部门有权进行查处，并给予行政处罚。这些部门通常包括市场监督管理部门（负责商标、专利等侵权行为的查处）、版权管理部门（负责著作权侵权行为的查处）等。具体处罚措施包括：
责令停止侵权行为：行政部门发现侵权行为后，会责令侵权人立即停止侵权行为，防止损害进一步扩大。例如，若某企业未经授权使用他人商标生产商品，市场监督管理部门会责令其停止生产带有侵权商标的产品。
没收违法所得：行政部门将侵权人因侵权行为所获得的非法收入予以没收，上缴国库。比如，某公司未经授权生产和销售侵犯他人专利权的产品，获利20万元，知识产权管理部门会依法没收这20万元。
罚款：行政部门根据侵权行为的情节轻重，对侵权人处以一定数额的罚款。罚款的金额根据侵权行为的性质、情节以及造成的后果等因素确定。例如，对于侵犯著作权的行为，违法经营额五万元以上的，还可以并处违法经营额一倍以上五倍以下的罚款。
二、刑事处罚单位及措施
当侵犯知识产权的行为达到一定严重程度，触犯刑法时，将由司法机关（主要是法院和检察院）依法追究刑事责任。常见的涉及知识产权的罪名及刑罚包括：
假冒注册商标罪：未经注册商标所有人许可，在同一种商品、服务上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。例如，某公司未经某知名品牌商标所有人许可，在其生产的同类商品上使用与该品牌完全相同的商标，且销售金额巨大，构成假冒注册商标罪，将由法院依法判处刑罚。
侵犯著作权罪：以营利为目的，未经著作权人许可，复制发行、通过信息网络向公众传播其作品等，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，可处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。例如，某个人未经某软件公司授权，大量复制并销售该公司开发的计算机软件，违法所得数额巨大，构成侵犯著作权罪，将由法院依法判处刑罚。
侵犯商业秘密罪：以盗窃、利诱、胁迫或其他不正当手段获取权利人的商业秘密，或非法披露、使用、允许他人使用其所掌握或获取的商业秘密，给权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。例如，某公司员工违反公司保密规定，泄露公司核心商业秘密给竞争对手，构成侵犯商业秘密罪，将由法院依法判处刑罚。
三、单位犯罪的特殊处罚原则
若单位构成侵犯知识产权犯罪，将依据双罚制原则进行处罚。即既要处罚单位本身（判处罚金），也要对单位中直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行处罚（判处刑罚）。这一原则确保了单位和个人的法律责任均得到追究，体现了法律的公正性和严肃性。
总结与建议：侵犯知识产权的行为会受到行政、刑事等多方面的处罚，具体处罚单位及措施取决于侵权行为的性质、情节以及造成的后果等因素。因此，建议企业和个人都应尊重他人的知识产权，避免任何形式的侵权行为。若您在知识产权方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将为您提供专业、全面的法律解答。