亲子鉴定不同机构做的数据在理论上应当是一致的，但实际操作中可能因技术、设备等因素存在细微差异。

一. 亲子鉴定的科学性与准确性

1. 科学原理：亲子鉴定是基于遗传学原理，通过比对被鉴定人的遗传物质（如DNA）来确定亲子关系。这一科学原理是普遍适用的，不受机构差异的影响。
2. 准确性：在正规、专业的亲子鉴定机构中，鉴定过程严格遵循科学规范，使用先进的检测技术和设备，因此得出的数据具有高度的准确性。

二. 机构差异对鉴定结果的影响

1. 技术与设备：不同机构可能采用不同的检测技术和设备，这可能导致在提取、分析遗传物质时存在细微差异。但这些差异通常不会改变鉴定结果的本质，即亲子关系的判定。
2. 操作流程：虽然亲子鉴定的基本原理相同，但不同机构在操作流程上可能有所差异。这些差异可能源于机构内部的标准化程度、操作人员的经验等因素。然而，只要机构遵循科学规范，这些差异对鉴定结果的影响是有限的。

三. 鉴定结果的可靠性

1. 重复验证：为了确保鉴定结果的可靠性，可以选择在多家机构进行亲子鉴定。如果多家机构得出的结果一致，那么这份鉴定结果的可靠性就更高。
2. 权威机构认证：选择经过国家权威机构认证的亲子鉴定机构进行鉴定，可以进一步确保鉴定结果的准确性和可靠性。这些机构通常拥有更先进的检测技术和更严格的操作流程。

综上所述，虽然不同机构在亲子鉴定过程中可能存在细微差异，但这些差异通常不会改变鉴定结果的本质。为了确保鉴定结果的准确性，建议选择正规、专业的亲子鉴定机构，并可以考虑在多家机构进行重复验证。如有进一步需要，您可以继续咨询我。