员工严重违反公司制度的严重程度，需从多个维度进行综合考量，包括行为的性质、后果、多次性、规章制度的规定以及对其他员工的影响等。具体分析如下：
一. 行为的性质与后果
- 行为性质：若员工的行为属于暴力、故意破坏、失职舞弊等恶劣性质，通常被视为严重违反。例如，故意泄露公司商业秘密或进行贪污、挪用公款等行为，这些行为直接对公司的安全、声誉或经济利益造成重大损害。
- 行为后果：评估员工行为是否导致了公司重大经济损失、业务受损、声誉下降或引发重大纠纷等。如因员工失误导致公司与客户签订不利合同，造成公司巨大经济风险，此类后果通常被视为严重。
二. 行为的多次性与规章制度
- 多次性：如果员工多次实施同一性质的轻微违规行为，且经教育仍不改正，累计起来可能被视为严重违反。例如，多次迟到早退，虽每次时间较短，但频繁发生则严重影响工作秩序。
- 规章制度：公司规章制度中应明确列举哪些行为属于严重违反。若员工的行为明确符合这些规定，即可认定为严重违反。例如，规章制度中明确规定工作时间内饮酒属于严重违规，员工有此行为即符合规定。
三. 对其他员工的影响与过往处理惯例
- 对其他员工的影响：考虑员工的行为是否对其他员工的工作积极性、工作环境等产生了恶劣影响。如员工在工作场所公然辱骂同事，破坏良好工作氛围，此类行为可能被视为严重违反。
- 过往处理惯例：用人单位应保持一致的处理方式，对于类似行为应按照既定的规章制度进行处理，以确保处理的公正性和一致性。过往的处理惯例也是判断严重程度的重要参考。
四. 法律框架与证据要求
- 在《中华人民共和国劳动法》第三十九条的框架下，严重违反用人单位的规章制度是解除劳动合同的法定情形之一。用人单位在界定严重程度时，必须确保规章制度的合法性和有效性，同时提供充分的证据来证明员工的严重违规行为。
- 证据应包括但不限于员工的违纪行为记录、造成的损失证明、其他员工的证言等，以确保处理的公正性和合法性。
综上所述，员工严重违反公司制度的严重程度是一个综合考量的结果，涉及行为的性质、后果、多次性、规章制度的规定、对其他员工的影响以及过往处理惯例等多个方面。用人单位在界定严重程度时，应确保规章制度的合法性和有效性，并遵循公正、一致的处理原则。如有进一步需要，您可以继续咨询我。