帮助信息网络犯罪活动罪目前存在的问题主要涉及法律适用、犯罪金额计算、主观明知证明、卡内资金区分以及条文竞合情形下的轻重失衡等方面。具体分析如下：

一. 法律适用存在干扰

• 《刑法修正案(九)》、《关于办理非法利用信息网络、帮助信息网络犯罪活动等刑事案件适用法律若干问题的解释》（以下简称《解释》）以及《关于深入推进“断卡”行动有关问题的会议纪要》（以下简称《会议纪要》）共同构成了当前办理帮助信息网络犯罪活动案件的指导框架。
• 但《会议纪要》列举的三类行为是修正替代的独立构罪要件，还是作为《解释》的补充条款，关系、位次不明，导致适用上的困扰。

二. 犯罪金额的计算标准不明确

• 支付结算金额是当前帮助信息网络犯罪活动罪定罪量刑的主要标准。
• 司法实务中关于支付结算金额的计算存在两种主要做法，但均存在不足，可能导致罪行无法计入或刑事责任不当加重。

三. 主观明知证明难

• 明知他人将银行卡用于信息网络犯罪活动才能构成本罪，但主观明知的证明存在较大困难。
• 行为人在被抓获后往往难以追溯其卖卡时的主观心态，且主观证据及其所支撑的证据链条薄弱。

四. 卡内资金部分交织不清

• 实践中存在犯罪资金与个人正当使用资金相互交织的情况，给计算和区分涉案流水带来额外困惑。

五. 条文竞合情形下的轻重失衡

• 刑法明文规定帮助信息网络犯罪活动罪竞合时择重罪定罪处罚。
• 但由于本罪属于轻罪，法定刑较其他相关罪名宽松，可能导致架空本罪的适用或直接加重被告人的刑事责任。

我建议：针对上述问题，应严格把握主观明知，明确卡内资金区分及计算标准，厘清法律适用方面的冲突，并考虑对相关法律条文进行修订或解释，以确保罪责刑相适应，维护司法公正。同时，加强司法实践中的案例指导和经验总结，提高办案质量和效率。如有进一步需要，您可以继续咨询我。