刑事诉讼法第十六条和第163条撤案的区别主要在于适用情形和撤案的主体不同。以下是详细分析：
一. 适用情形不同
刑事诉讼法第十六条：该条列举的是不追究刑事责任、撤销案件、不起诉的具体情形，包括但不限于犯罪已过追诉时效期限、情节显著轻微不认为是犯罪、犯罪嫌疑人或被告人死亡等。这些情形是撤案的法定理由，即当案件存在这些情形之一时，司法机关应当或可以撤销案件。
刑事诉讼法第一百六十三条：该条规定的撤案情形是在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。这里强调的是在侦查过程中发现的不应追究刑事责任的情形，是侦查机关在侦查活动中对案件进行实质性审查后作出的决定。
二. 撤案的主体不同
刑事诉讼法第十六条：虽然该条列举了撤案的情形，但并未直接规定撤案的主体。在实际操作中，根据案件的不同阶段和具体情况，撤案的主体可能是公安机关、人民检察院或人民法院。
刑事诉讼法第一百六十三条：该条明确规定了撤案的主体是侦查机关，即在侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，侦查机关应当撤销案件。这里的侦查机关通常指的是公安机关或人民检察院的侦查部门。
综上所述，刑事诉讼法第十六条和第一百六十三条虽然都涉及撤案，但它们的适用情形和撤案的主体存在明显区别。第十六条列举的是撤案的法定情形，而第一百六十三条则规定了侦查机关在侦查过程中发现不应追究刑事责任时应撤销案件的具体要求。我建议在实际操作中，应根据案件的具体情况和法律规定，准确判断撤案的适用情形和主体，以确保司法公正和效率。如有进一步需要，您可以继续咨询我。