合同专用章盖在对账函上通常是有效的，这里我为您详细解释一下：

首先，从法律层面来看，合同专用章本身具有法律效力，它代表着公司签订合同等民事行为的正式确认。当合同专用章加盖在对账函上时，这通常意味着公司对对账函中所述内容的认可和确认。因此，在一般情况下，加盖了合同专用章的对账函是具有法律效力的，可以作为证明双方交易情况、债权债务关系等事实的有效证据。

其次，从实践角度来看，只要盖章行为是真实的，且对账函所记录的内容与双方的实际交易情况相符，那么这份对账函在后续如果发生纠纷时，就可以作为重要的证据来使用。法院或仲裁机构在判断对账函的效力时，会综合考虑盖章的真实性、对账函内容的准确性以及双方交易习惯等因素。

然而，也需要注意到一些特殊情况。比如，如果双方在以往的交易中明确约定了只有加盖公章才对某项行为产生效力，那么仅加盖合同专用章的对账函可能会存在效力上的问题。此外，如果合同专用章的使用存在不当或违规行为，如未经授权擅自使用等，也可能影响对账函的效力。

综上所述，合同专用章盖在对账函上通常是有效的，但具体效力还需结合双方交易习惯、盖章行为的真实性以及对账函内容的准确性等因素来综合判断。如果您在实际操作中遇到相关问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。