结论前置：村长没有经过召开村民会议决议私下签字同意土地征收协议，这一行为在法律上通常会被认定为违法或存在瑕疵，甚至可能导致协议无效。

详细分析：

1. 法律程序的重要性：

   • 根据《村民委员会组织法》的相关规定，涉及村民利益的重大事项，如土地征收等，必须经村民会议讨论决定后方可办理。这是保障村民民主权利、维护村民利益的重要程序。
   • 未经村民会议讨论通过，村长擅自签字同意土地征收协议，违反了法律规定的程序要求，进而可能影响协议的法律效力。

2. 村民的参与权与决策权：

   • 村民大会是村民行使民主权利、参与村务决策的重要途径。在涉及土地征收等重大事项时，村民有权通过村民大会了解征收计划、表达意见并作出决策。
   • 村长未经村民会议决议私下签字，剥夺了村民的知情权、参与权和决策权，损害了村民的民主权利和合法权益。

3. 合同有效性的判定：

   • 一个有效的合同应当具备合法性、真实性和公平性。如果合同的签订过程违反了法律法规或侵犯了相关方的合法权益，那么该合同的有效性就会受到质疑。
   • 在本案例中，由于村长未经村民会议决议私下签字同意土地征收协议，这一行为违反了法律规定的程序要求，也损害了村民的合法权益，因此该协议在法律上通常会被认定为存在瑕疵甚至无效。

4. 法律后果与建议：

   • 如果村民对村长的行为有异议，可以向乡镇人民政府反映情况，要求调查处理。
   • 如果土地征收协议被认定为无效，那么征收方可能需要重新与村民进行协商，并按照法定程序办理征收手续。
   • 村长作为基层组织的管理者，应当严格遵守法律法规和民主程序的要求，确保村民的合法权益得到保障。

综上所述，村长没有经过召开村民会议决议私下签字同意土地征收协议是违法的，这一行为违反了法律规定的程序要求，损害了村民的民主权利和合法权益，并可能导致土地征收协议无效。