分公司作为建设单位，一般情况下不能独立办理施工许可证，通常不合法。具体分析如下：

1. 分公司的法律地位：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
   • 分公司没有独立的财产权，也不能独立承担民事责任，因此通常不具备作为建设单位的资格。

2. 施工许可证的办理要求：

   • 施工许可证是建筑施工单位必须取得的行政许可，用于证明施工单位具备进行建筑施工的资格。
   • 办理施工许可证时，需要提交一系列材料，包括施工单位的资质证明、项目批准文件、施工图纸等。
   • 由于分公司不具备独立的法人资格和财产权，因此无法独立提交这些材料并承担相应责任。

3. 实际操作中的情况：

   • 在实际操作中，如果分公司需要办理施工许可证，通常需要总公司的授权和协助。
   • 总公司可以出具授权委托书，授权分公司使用其施工资质并承担相应责任，但这种情况下，施工许可证上仍然会注明总公司的名称。

4. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，施工单位必须具备相应的资质和条件才能申请施工许可证。
   • 分公司作为总公司的分支机构，不具备独立申请施工许可证的资格。

综上所述，分公司作为建设单位，在一般情况下不能独立办理施工许可证，因为这违反了相关法律法规对施工单位的资质和条件要求。如果分公司需要进行建筑施工，应该通过总公司进行申请和办理相关手续。