当房产担保人司法拍卖所得款项不足以偿还全部债务时，处理方式主要可以从以下几个方面进行：
一、继续追讨剩余债务
执行其他财产：
- 债权人可以向法院申请查询并冻结担保人在各银行的账户，包括活期、定期存款，并划扣相应款项。
- 调查担保人是否拥有其他财产，如车辆、交通工具、股权、应收债权以及其他不动产，并可申请法院进行查封、扣押、冻结和拍卖。
追加其他责任主体：
- 如果债务有连带保证人，债权人可以要求保证人偿还剩余债务。
- 对于夫妻共同债务或其他共同债务，债权人可以要求其他共同债务人承担偿还责任。
二、与担保人协商制定还款计划
- 分期还款：双方可以协商一个可行的分期还款计划，明确每期还款金额、时间以及违约责任。
- 提供担保：在协商过程中，可以要求担保人提供额外的担保措施，如抵押或质押其他财产，以增加还款保障。
三、法律手段与程序
行使撤销权：
- 如果发现担保人存在恶意转移财产或低价处分财产等行为，债权人可以向法院提起撤销权诉讼，追回被不当处分的财产用于偿债。
限制被执行人行为：
- 对于暂无其他财产可供执行，但债务尚未履行完毕的担保人，法院有权将其纳入失信被执行人名单，并采取限制消费措施，如限制乘坐飞机、高铁等高消费行为。
终结本次执行程序但保留债权：
- 若担保人确实无其他财产可供执行，法院可能会裁定终结本次执行程序，但债权并不因此灭失。一旦发现担保人有可供执行的财产，债权人可以随时向法院申请恢复执行。
四、特别情况下的处理
破产程序：
- 如果担保人是企业且资不抵债，可以进入破产程序。在破产程序中，债权将按照法律规定的顺序和比例进行清偿。
个人债务处理：
- 对于个人担保人，若房产拍卖后仍有不足，需以其其他个人财产继续偿还。债权人可以申请法院对个人担保人的其他财产进行强制执行。
五、综合建议
- 全面评估财产状况：债权人应积极配合法院的调查工作，全面了解担保人的财产状况，以便采取进一步的执行措施。
- 积极协商沟通：在可能的情况下，债权人与担保人可以通过协商达成债务重组或新的还款协议，以更加灵活的方式解决债务问题。
- 关注法律程序：债权人应密切关注相关法律程序的进展，如执行程序的推进、破产程序的启动等，以便及时采取必要的法律行动。
综上所述，当房产担保人司法拍卖所得款项不足以偿还全部债务时，债权人可以通过多种途径继续追讨剩余债务，并与担保人协商制定还款计划。同时，也可以运用法律手段保护自己的合法权益，并密切关注法律程序的进展。