政府采购可以因为保函条款废标，但具体需根据相关法律法规和招标文件的规定来判断。

首先，政府采购活动必须遵循《中华人民共和国政府采购法》及相关法律法规的规定。在这些法律法规中，并未直接规定保函条款是否可以导致废标，而是强调了采购过程的公正、公平和透明原则，以及采购文件（包括招标文件）的合法性和合规性。

其次，招标文件是政府采购活动的重要依据，其中会详细列明投标人的资格要求、投标文件的编制要求、评标方法和标准等。如果招标文件中明确规定了保函条款，并且该条款是评判投标文件是否合格或中标的重要依据，那么投标人未能满足保函条款的要求，确实可能导致其投标文件被判定为无效或废标。

然而，在实际操作中，是否因保函条款废标还需考虑多种因素，如保函条款的具体内容、投标人未能满足保函条款的原因、招标文件的其他相关规定等。如果保函条款的设置存在不合理或歧视性，或者投标人未能满足保函条款是由于不可抗力等正当理由，那么废标决定可能会受到质疑或挑战。

因此，在政府采购活动中，是否因保函条款废标需要综合考虑法律法规、招标文件以及实际情况等多种因素。如果投标人对此有疑问或异议，建议及时咨询专业律师或相关机构，以维护自身合法权益。