合法企业不归商务局管，而是由工商行政管理部门，即工商局进行监管。下面我对此进行详细分析：

一. 合法企业的监管主体

1. 工商局的监管职责：根据《中华人民共和国公司法》第六条，设立公司需要依法向公司登记机关申请设立登记，这里的“公司登记机关”指的就是工商局。工商局负责公司的登记、监管以及提供查询服务等，确保公司的合法经营。
2. 商务局的职责范围：商务局主要负责商业贸易、招商引资、市场体系建设等方面的工作，并不直接负责企业的设立和日常监管。

二. 相关法律依据的进一步说明

• 《中华人民共和国公司法》明确规定了工商局在公司设立、登记和监管方面的职责，是合法企业监管的主要法律依据。
• 商务局的职责则更多体现在商业贸易和招商引资等方面，与企业设立和日常监管无直接关联。

综上所述，合法企业不归商务局管，而是由工商局进行监管。如有进一步需要，您可以继续咨询我。