不能直接扣工程款来抵偿欠农民工的工资。这是因为工程款和农民工工资是两个不同的法律概念，分别代表着不同的法律关系和权利义务。下面我来详细解释一下：

1. 工程款与农民工工资的法律性质：

   • 工程款是发包人（通常是建设单位）与承包人（通常是施工单位）之间因建设工程施工合同而产生的价款支付义务。
   • 农民工工资则是农民工为施工单位提供劳务后，施工单位应当支付的劳动报酬。

2. 欠薪问题的解决途径：

   • 如果施工单位欠付农民工工资，农民工可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。
   • 劳动监察部门在接到投诉后，会进行调查处理，并可能要求施工单位限期支付工资。
   • 如果施工单位逾期不支付，劳动监察部门有权采取一系列强制措施，包括但不限于冻结银行账户、查封财产等，以迫使施工单位履行支付义务。

3. 工程款与农民工工资的独立性：

   • 工程款与农民工工资在法律上是独立的，不能相互抵偿。即使发包人欠付施工单位工程款，也不能成为施工单位欠付农民工工资的理由。
   • 施工单位应当确保按时足额支付农民工工资，这是其作为用人单位的法定义务。

4. 建议与措施：

   • 对于农民工来说，如果遭遇欠薪问题，应当及时通过法律途径来维护自己的权益。
   • 对于施工单位来说，应当加强内部管理，确保按时足额支付农民工工资，避免引发法律纠纷。
   • 对于政府部门来说，应当加强对施工单位的监管力度，确保农民工的合法权益得到有效保障。

综上所述，欠农民工工资部门不能直接扣工程款来抵偿欠薪。农民工应当通过法律途径来维护自己的权益，而施工单位也应当履行自己的法定义务，按时足额支付农民工工资。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。