关于索要农产品合格证明文件的法条，主要涉及到《中华人民共和国食品安全法》以及新修订的《食用农产品市场销售质量安全监督管理办法》（市场监管总局令第81号）。以下是对此问题的详细解答：
一、法条依据
《中华人民共和国食品安全法》：
- 第五十三条：食品经营者采购食品，应当查验供货者的许可证和食品出厂检验合格证或者其他合格证明（以下称合格证明文件）。
- 第六十五条：食用农产品销售者应当建立食用农产品进货查验记录制度，如实记录食用农产品的名称、数量、进货日期以及供货者名称、地址、联系方式等内容，并保存相关凭证。记录和凭证保存期限不得少于六个月。
《食用农产品市场销售质量安全监督管理办法》：
- 第八条：销售者采购食用农产品，应当依照食品安全法第六十五条的规定建立食用农产品进货查验记录制度，索取并留存食用农产品进货凭证，并核对供货者等有关信息。
- 该办法还详细规定了进货凭证的具体内容，包括食用农产品的名称、数量、进货日期以及供货者的名称、地址、联系方式等，并明确了产品质量合格凭证的三种主要形式：农产品承诺达标合格证、供货者出具的自检合格证明、有关部门出具的检验检疫合格证明。
二、合格证明文件的要求与类型
- 农产品承诺达标合格证：由食用农产品生产者或者供货者出具，证明农产品符合相关质量安全标准。
- 自检合格证明：供货者自行检验或委托检验机构检验后开具的合格证明。
- 检验检疫合格证明：由有关部门出具的，证明农产品已经过检验检疫并符合相关要求的证明文件。
三、特殊情况的说明
- 对于采购按照规定应当检疫、检验的肉类，销售者应当索取并留存动物检疫合格证明、肉品品质检验合格证等证明文件。
- 采购进口食用农产品时，应当索取并留存海关部门出具的入境货物检验检疫证明等证明文件。
四、法律责任与免责情况
- 销售者应当严格履行进货查验义务，确保所采购的食用农产品来源合法、质量可靠。如果因未履行进货查验义务而导致销售不合格农产品的，将依法承担相应的法律责任。
- 如果销售者已经履行了进货查验义务，有进货验收记录，并索取了进货凭证，能够说明进货来源，且不知道采购的产品不合格，那么在一定程度上可能可以免于处罚。但具体情况还需根据相关法律法规和监管部门的判断来确定。
综上所述，索要农产品合格证明文件是确保食品安全和消费者权益的重要环节。销售者在采购食用农产品时，应当严格按照相关法律法规的要求，索取并留存相关合格证明文件，以确保所销售的农产品符合质量安全标准。